Thiếu tướng Huỳnh Thủ sinh ngày 15/9/1915 trong một gia đình giàu truyền thống cách mạng ở xã Bình Thới, huyện Bình Sơn, tỉnh Quảng Ngãi. Quê nghèo, năm 14 tuổi ông phải bỏ học vào Sài Gòn kiếm sống, làm phu khuân vác, thợ giặt ủi, bốc hàng thuê ở bến cảng, đã khiến người thanh niên trưởng thành trong muôn vàn cực nhọc, gian khó, sớm tiếp cận được tinh thần đấu tranh của giai cấp công nhân. Tháng 8/1937, ông được kết nạp vào Đảng Cộng sản Đông Dương. Năm 1942, ông tham gia tích cực trong một tổ chức hoạt động của Đảng là "Hội Ái hữu" ở Sài Gòn, thì bị thực dân Pháp bắt, đày ra Côn Đảo với mức án 15 năm khổ sai. Cùng ở tù với các đồng chí Nguyễn Thọ Chân, Mai Chí Thọ, Trần Diệp, Phan Trọng Tuệ, Nguyễn Văn Vịnh... tinh thần và bản lĩnh của ông dần được tôi luyện cứng cáp và kiên trung. Lòng dũng cảm của ông qua thử thách, cùng hòa vào khí thế sục sôi tranh đấu của anh em "đằng mình", trước những đòn thù tra tấn hết sức tàn bạo khét tiếng của bọn cai ngục.

Năm 1945, cách mạng Tháng tám thành công, ông và đồng đội được cách mạng đón về trong niềm vui tột độ. Với niềm tin tưởng vào người cán bộ được thử thách, tổ chức đã giao cho ông đảm trách công tác quân sự ở mặt trận Cần Thơ, Hậu Giang, Rạch Giá... Khí thế tiến công như bị nén lại bấy lâu, cộng với mưu trí, khéo léo đọ sức với quân thù khi ở Côn Đảo, ông đã mau lẹ tính kế luồn sâu vào lòng địch, "xả một trận cho chúng biết tay". Nhiệm vụ nào ông cũng hoàn thành tốt. Trận đánh nào ông cũng làm cho kẻ địch tổn thất nặng nề.

Được quân Anh giúp đỡ, thực dân Pháp ngày càng ráo riết gây chiến ở Nam Bộ. Trước tình hình ấy, cấp trên đề ra chủ trương phải mau chóng chiếm giữ và xây dựng một số vùng căn cứ cho cách mạng. Rừng U Minh là một trong những trọng điểm được lựa chọn để xây dựng cơ sở chống Pháp. Một lần nữa, ông Huỳnh Thủ được giao là Chỉ huy trưởng Chi đội 24, một mũi nhọn đầu tiên thọc sâu vào rừng U Minh.

Cuối năm 1946, đoàn quân chân đất của ông trên danh nghĩa là "Chi đội vũ trang tuyên truyền", được lệnh tiến quân. Vũ khí thô sơ, chỉ đại đao, phi tiêu, mã tấu... nhưng nhiệm vụ lại quá nặng nề: diệt tề, trừ gian, xây dựng, củng cố cơ sở cách mạng. Tháng ngày đơn vị ông luồn vào tận các khóm ấp, vừa tuyên truyền, giáo dục cho nhân dân hiểu rõ quyết tâm chống Pháp bảo vệ nền độc lập, vừa xây dựng cơ sở chính trị, củng cố chính quyền. Ở một số vùng, bọn hội tề đang kết nối với nhau, tiếp tục làm tay sai chỉ điểm cho địch. Ông đi gặp cơ sở và chính quyền địa phương tìm cách đối phó. Một số cán bộ trong chi đội đề nghị ông dùng biện pháp quân sự: Bắt và xử lý chúng bằng hình phạt cao nhất.

Bàn thảo mãi, cuối cùng ông và chính quyền sở tại nhất trí phương án gặp số đối tượng hội tề, cảnh cáo chúng và vận dụng chính sách khoan hồng của Đảng nhằm tạo sự đồng thuận trong quần chúng nhân dân. Suốt những tháng ngày bền bỉ vận động, giáo dục quần chúng, củng cố chính quyền cơ sở vững mạnh; lập các phân khu du kích chiến đấu và cải hóa, giải tán bọn hội tề, việt gian một số vùng ở U Minh, Chi đội trưởng Huỳnh Thủ sau đó đã chia Chi đội ra thành các phân đội để lập cứ (mà sau này ông cho rằng, đó là ý nghĩ manh nha đầu tiên về việc hình thành các đồn, trạm biên phòng), để vừa phòng thủ bảo vệ khu vực, vừa sẵn sàng tấn công nếu lính Pháp mò tới.

Vùng sình lầy gian khổ, khó khăn, việc đi lại liên lạc giữa các cứ phức tạp, ông nhặt ra một nhóm trong số quân eo hẹp, tổ chức thành đội quân "cơ động chiến", nhằm nhanh chóng hỗ trợ các cứ khi cần. Và thực tế này đã được chứng minh trong nhiều trận đánh thắng lợi. Từ đó, cái tên "bộ đội ông Thủ" nổi danh khắp vùng rừng U Minh.

Năm 1950, ông được trên tín nhiệm giao chức vụ Trung đoàn trưởng Trung đoàn chủ lực miền Tây Nam Bộ, thuộc Quân khu 9. Lối đánh sở trường của ông là không dàn trận trực tiếp xáp mặt giáp lá cà, mà phân cụm, chia điểm, tập kích cắt rời đội hình địch, diệt gọn, rồi rút nhanh, đã nhiều lần làm cho địch bị động, lúng túng, trở tay không kịp. Năm 1951, ông được bổ nhiệm là Tỉnh đội trưởng Tỉnh đội Cần Thơ. Ông giữ chức vụ này được gần 4 năm. Khi Hiệp định Giơ-ne-vơ được ký kết, ông tạm biệt gia đình và quê hương yêu dấu, cùng đồng đội tập kết ra miền Bắc.

Bước ngoặt lớn trong cuộc đời binh nghiệp của ông là ngày ông được Bộ Quốc phòng điều chuyển sang công tác ở lực lượng Công an nhân dân vũ trang theo Nghị quyết 58/NQ-TW của Bộ Chính trị ngày 19/11/1958. Nhưng thực ra ông "sang sớm" hơn nhiều, mà theo cách nói của ông là đủ một chu kỳ 9 tháng 10 ngày để "đẻ ra" một đứa con mang cái tên nôm na ban đầu là "Cảnh vệ Biên cương". Đó là ngày 28/2/1958, cấp trên điều động 7 cán bộ quân đội và công an tầm cỡ chuyên gia, có đầy đủ trình độ, kinh nghiệm và đã trải qua thực tiễn về công tác xây dựng tổ chức, để thành lập Ban dự thảo "Đề án tổ chức lực lượng Cảnh vệ Nội địa và Biên phòng", dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Thiếu tướng Phan Trọng Tuệ, Thứ trưởng Bộ Công an.

Ông kể về buổi họp mặt, ra mắt đầu tiên Ban soạn thảo: Tham dự có đại diện Tổng Quân ủy và Bộ Quốc phòng, Bộ Tổng Tham mưu Quân đội nhân dân Việt Nam và lãnh đạo Đảng đoàn Bộ Công an, lãnh đạo Cục Dân cảnh (Cục 7), Bộ Công an. Đồng chí Phan Trọng Tuệ bước lên bục báo cáo tình hình. Ông đưa mắt nhìn một lượt khắp căn phòng. Bỗng mắt ông dừng lại hơi lâu ở một con người có dáng thấp đậm, vạm vỡ, gương mặt hơi vuông, tóc cắt ngắn để lộ vầng trán rộng, đó chính là đồng chí Huỳnh Thủ, người bạn, người đồng chí cùng ở tù, cùng chiến đấu vào sinh ra tử với ông ở Quân khu 9. Vị tướng chủ trì hơi mỉm cười, tin tưởng rằng, đây là người mai kia sẽ trở thành vị cán bộ cộng sự đắc lực cho ông.

Sau này, có lần ông Huỳnh Thủ đã kể lại với anh em: Lúc đó mình khẽ liếc, chứ đâu dám nhìn thẳng vào ổng, vì mắc cỡ quá, mặt mừng, nhưng bụng thì lo rồi không biết có làm tròn được nhiệm vụ to lớn và niềm tin cậy của ổng và cấp trên không? Ông được phân công phụ trách Tiểu ban nghiên cứu phần III: Tổ chức xây dựng lực lượng. Nhận việc, ông lo lắm. Vốn là người có tư chất táo bạo, quyết tâm, chịu khó, ham làm, nhưng đứng trước khối công việc lớn, mới mẻ, trong tay chỉ có con số "không"; mô hình tổ chức lực lượng lại mới sơ khai, chưa có hình mẫu tiền lệ, ông chưa thể hình dung được rồi nó sẽ tròn méo ra sao. Nhưng việc đến, phải quyết làm.

Ông nói với tổ nghiên cứu: "Thôi ráng chịu. Lao vào làm miết sẽ được! Trước hết ta sang Bộ Tổng Tham mưu nắm tình hình các đơn vị Bộ đội Biên phòng, sau đó sang Cục Dân cảnh, Bộ Công an nắm lực lượng Công an Biên phòng, Cảnh sát vũ trang, rồi xuống trực tiếp các quân khu để nắm cụ thể thêm...". Thế là ông cùng đồng chí Lâm (chuyên viên Quân khu Tây Bắc), đồng chí Tiến (chuyên viên Quân khu Việt Bắc) trong Ban biên soạn đi tuốt một mạch gần hai tháng, vừa điều tra khảo sát địa hình biên giới, vừa đến các Quân khu Việt Bắc, Quân khu Hữu Ngạn, Tả Ngạn, Khu tự trị Thái - Mèo và các Châu, rồi Quân khu Bốn, Khu Vĩnh Linh, tuyến bờ biển... để liên hệ nắm thực chất quân số, từ đó hình dung xây dựng mô hình tổ chức cấp khu, thành, tỉnh và đồn, trạm biên phòng.

Qua một quá trình bám sát thực tiễn, tính toán, cân nhắc, ông đã lên được một mô hình bố trí lực lượng và ước lượng tương đối số sĩ quan, hạ sĩ quan, chiến sĩ cần phải có, để đáp ứng tạm thời nhiệm vụ trước mắt, sau đó sẽ bổ sung dần. Riêng Cơ quan Chỉ huy cấp Trung ương, theo gợi ý của lãnh đạo hai Bộ cũng trùng hợp với suy nghĩ của Thiếu tướng Phan Trọng Tuệ, là đề nghị Bộ Quốc phòng, chuyển toàn bộ Bộ Tư lệnh Bộ đội Bảo vệ sang làm nòng cốt ban đầu, để xây dựng Ban Chỉ huy Trung ương. Trong buổi làm việc, đồng chí Huỳnh Thủ đã báo cáo cụ thể với Thứ trưởng, Thiếu tướng Phan Trọng Tuệ về quân số, dự kiến mô hình tổ chức khu, thành, tỉnh và đồn, trạm biên phòng. Về quân số, tổng dự kiến phải có 19.000 quân. Số cán bộ, chiến sĩ công an có thể chuyển sang là 1.200 người. Quân đội dự kiến chuyển sang là 12.682 người. Tổng cộng là 13.882 người. Như vậy, mới đáp ứng được gần 70% quân số. Đề nghị Thứ trưởng đề xuất trên xin tuyển thêm 5.000 tân binh nữa mới có thể đáp ứng gần 19.000 quân như dự kiến.

Về tổ chức lực lượng: Đề nghị thành lập mỗi tỉnh một Ban Chỉ huy; tỉnh nào có thêm nội địa, thì thành lập thêm một Ban Chỉ huy Nội địa. Riêng các quân khu, không bố trí theo mô hình quân đội mà chỉ thành lập Ban Chỉ huy 2 khu có địa bàn rộng và phức tạp: đó là Khu Việt Bắc và Khu Tây Bắc. Riêng Vĩnh Linh, theo chế độ Đặc khu. Như vậy là hình thành 3 cấp: Trung ương, tỉnh, thành và đồn biên phòng. Ở Hà Nội, giữ nguyên Trung đoàn 600 và Trung đoàn 254; đề nghị tổ chức thêm một Tiểu đoàn Cơ động tác chiến, trực thuộc Ban Chỉ huy Trung ương... Về Ban Chỉ huy Trung ương đề nghị Thứ trưởng đề xuất chuyển toàn bộ Bộ Tư lệnh Bộ đội Bảo vệ sang; lấy khung Sư đoàn bộ 350 làm nòng cốt xây dựng khung Ban Chỉ huy Trung ương.

Kết thúc buổi làm việc, Thứ trưởng Phan Trọng Tuệ tỏ vẻ hài lòng về bản báo cáo bước đầu của Tiểu ban nghiên cứu về mô hình tổ chức xây dựng lực lượng. Thứ trưởng nắm chặt tay ông Huỳnh Thủ nói: "Đây chỉ mới là phác thảo, dự kiến bước đầu, tớ biểu dương cậu, song cậu cần tiếp tục nghiên cứu một cách kỹ càng, khoa học hơn nữa. Sau này cậu sẽ về Cục Tham mưu, tiếp tục cộng tác với mình, gánh đỡ mình nhiều việc đấy!". Bản đề án được hai Bộ thảo luận bổ sung nhiều lần và được các cấp, các ngành ở Trung ương đóng góp ý kiến. Ban soạn thảo họp hoàn chỉnh lần cuối và ngày 27/10/1958; Đảng đoàn Bộ Công an có Tờ trình số 64/TT lên Ban Bí thư Trung ương Đảng cho phép gọi lực lượng vũ trang này là "Lực lượng Cảnh vệ Nội địa và Biên phòng".

Dù bận trăm công nghìn việc, nhưng 3/10/1958, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã cho ý kiến vào dự thảo đề án, bằng cả chữ Hán và chữ Việt. Ngày 19/11/1958, Bộ Chính trị ra Nghị quyết số 58/NQ-TW về "Xây dựng lực lượng Cảnh vệ Nội địa và Biên cương". Thế là Ban soạn thảo đã hoàn thành nhiệm vụ nặng nề nhưng vẻ vang của mình.

Với tinh thần trách nhiệm cao, vận dụng kinh nghiệm của những năm tháng trực tiếp tổ chức các đơn vị chiến đấu trên khắp chiến trường miền Tây Nam Bộ, cùng với đức tính thận trọng, chính xác, ông đã góp công rất lớn vào việc xây dựng bản "Đề án xây dựng lực lượng Cảnh vệ Nội địa và Biên cương", sau đổi thành lực lượng Công an nhân dân vũ trang. Đề án ấy không những đáp ứng được yêu cầu thực tế của tình hình đất nước những năm 1959-1960, đầy phức tạp, mà cho đến nay, mặc dù thay đổi nhiều lần cấp quản lý, nhưng về đặc điểm, tính chất, nhiệm vụ và mô hình tổ chức của lực lượng, cơ bản vẫn không thay đổi. Sau khi lực lượng Công an nhân dân vũ trang được thành lập, ngày 23/4/1959, Bộ Công an đã ra Nghị định 153/NĐ-CA, thành lập Cục Tham mưu và Thượng tá Huỳnh Thủ được bổ nhiệm giữ chức Quyền Tham mưu trưởng.

Sau này, theo lời ông kể lại, khi mới thành lập lực lượng, biết bao khó khăn chồng chất, Ban Chỉ huy Công an nhân dân vũ trang Trung ương ban đầu chỉ có một mình đồng chí Phan Trọng Tuệ, cùng mấy đồng chí giúp việc như các đồng chí Ngoạn, Thái, Linh. Nhiệm vụ nhiều mặt phải triển khai cấp bách, nhưng cán bộ thiếu. Đồng chí Phan Trọng Tuệ đã chỉ định đồng chí Huỳnh Thủ là cán bộ "Thường trực", giúp ông giải quyết các công việc hằng ngày trong cơ quan Ban Chỉ huy Công an nhân dân vũ trang Trung ương, đồng thời chủ trì Cơ quan Tham mưu khẩn trương triển khai nhiệm vụ trọng yếu 6 tháng cuối năm 1959.

Nhiệm vụ đặt ra trong thời kỳ đầu là xây dựng một hệ thống đồn, trạm vòng quanh biên giới, nói một cách hình ảnh là thiết kế hàng rào phên giậu của Tổ quốc; tổ chức bố trí lại các đơn vị bảo vệ nội địa, đó chính là xây dựng nền tảng, chân đế, móng trụ cho toàn lực lượng. Qua tìm hiểu, nắm tình hình ở các Quân khu Tây Bắc, Việt Bắc, khu Đông Bắc, khu Bốn, tuyến biển, giới tuyến Vĩnh Linh, ông nhận thấy: Nhiều năm qua, các đơn vị Bộ đội quốc phòng và Công an biên phòng đóng ở biên giới luôn phải đối phó với các âm mưu, thủ đoạn phá hoại của địch; chiến đấu quyết liệt với bọn thổ phỉ, đấu tranh với các hành động phá hoại của bọn thổ ty, lang đạo đang chống lại cuộc cải cách miền núi; phá tan một số tổ chức phản động, giữ gìn trật tự an ninh biên giới. Tuy nhiên, cũng bộc lộ những nhược điểm cơ bản như: Thứ nhất, vị trí đóng quân còn tùy tiện, đơn giản, chưa chú ý về tầm nhìn chiến thuật, có chỗ quá dày đặc, có chỗ thưa thớt, thậm chí có địa bàn bị bỏ trống. Vì vậy, nhiều lúc bị bọn phỉ tập kích, phải "phơi lưng chịu trận", không có đơn vị chi viện, tiếp cứu. Thứ hai, công tác hiệp đồng giữa hai lực lượng Quốc phòng - Công an thiếu chặt chẽ, mỗi đơn vị thực hiện theo chỉ thị riêng của ngành mình, nên thiếu nhịp nhàng, địa bàn quản lý còn sơ hở. Thứ ba, có nơi đóng quân theo kiểu đồn, trạm; có nơi lại đóng quân theo kiểu tập trung, số đông ở trong doanh trại, tổ chức sinh hoạt, học tập theo đội hình chính quy, không có cấu trúc trận địa phòng thủ, tác chiến. Thứ tư, thiếu công tác sưu tra, nắm tình hình, vì vậy địa điểm đóng quân của một số đơn vị ở địa bàn hiểm yếu, gần địch.

Để bố trí đồn, trạm sát với tình hình đặc điểm của mỗi tuyến, trước khi báo cáo với Tư lệnh, ông tranh thủ hội ý với Cục Trinh sát để thống nhất nhận định về tình hình địch, tình hình địa bàn có liên quan trực tiếp đến việc bố trí đồn, trạm của ta trước mắt cũng như lâu dài. Khi được phản ánh tình hình, đồng chí Tư lệnh đã triệu tập các đồng chí trong Ban Chỉ huy Công an nhân dân vũ trang Trung ương, lãnh đạo các Cục, lãnh đạo Phòng Biên phòng, Phòng Quân lực, Phòng Quân huấn thuộc Cục Tham mưu tham dự để tính toán kỹ việc thiết lập hệ thống đồn Biên phòng. Trên cơ sở các ý kiến trao đổi, phân tích, đồng chí Tư lệnh kết luận: Đối với các tỉnh, thành, cố gắng tận dụng các cơ sở đồn, trạm cũ của Bộ đội quốc phòng, Công an biên phòng, nếu xét thấy đủ điều kiện. Lập các đồn, trạm theo nguyên tắc lấy phân chia địa giới hành chính, không theo số lượng cột mốc. Căn cứ vào địa bàn xung yếu, hoặc phức tạp, hoặc chỉ cần công tác cảnh giới đề phòng, từ đó quyết định số lượng đồn, trạm của mỗi tỉnh, thành. Riêng khu vực giới tuyến, tất cả các vị trí quan trọng gọi là đồn, như Đồn Hiền Lương, Đồn Cửa Tùng còn những đồn nhỏ và phụ thì gọi là trạm. Đơn vị cơ động cấp tỉnh gọi là đại đội, với tính chất là đại đội chiến đấu. Ban Chỉ huy Tiểu khu thực sự là Ban Chỉ huy Tiểu đoàn, chỉ huy chiến đấu, tránh biên chế tổ chức thành một đơn vị chỉ đạo. Cục Tham mưu căn cứ vào tình hình thực tế để dự kiến mô hình tổ chức đồn, trạm cho các tỉnh, thành và nhất thiết phải đề ra yêu cầu, nguyên tắc chung và cụ thể khi xây dựng các đồn, trạm theo một quy chế thống nhất. Trên cơ sở đề xuất của Cục Tham mưu, Ban Chỉ huy Công an nhân dân vũ trang Trung ương duyệt thông qua và trình Bộ Công an phê chuẩn.

Từ kết luận của Tư lệnh, ông trực tiếp chỉ đạo Cục Tham mưu biên soạn Chỉ thị số 543/TM về "Một số nguyên tắc cơ bản cấu trúc đồn biên phòng", trong đó quy định: 1- Đồn biên phòng phải đóng ở trung tâm của khu vực bảo vệ, hoặc trên hướng bị uy hiếp, mà bọn phản động hoạt động nhiều và thường xuyên nhất, bảo đảm cho sự hoạt động kịp thời của đơn vị và của lực lượng cơ động. 2- Đồn phải đóng gần các đường giao thông, nhất là ở giữa các mối đường (nếu có), để tăng sức cơ động của đơn vị và bảo đảm cho bộ đội dễ dàng tiếp tế, vận chuyển. 3- Nước uống là vấn đề quan trọng, do đó việc chọn vị trí cần chú ý chọn những nơi có nước, nếu không, phải làm bể chứa nước hoặc đặt trạm cung cấp nước. 4- Lựa chọn vị trí cấu trúc đồn phải dựa vào điều kiện địa hình, địa vật, thuận lợi cho quan sát và xạ giới, hạn chế phạm vi tầm quan sát của đối phương. 5- Đồn phải có những điều kiện thuận lợi cho việc khai thác lực lượng tại chỗ trong phòng thủ. 6- Cấu trúc đồn phải dựa trên cơ sở biên chế hiện có, đủ cho đơn vị sinh hoạt, nhưng phải tính đến nhu cầu phát triển, đủ biên chế và được tăng cường trong tình hình đặc biệt. 7- Phải đặt đồn bên ngoài vùng đông dân cư; hạn chế sự phá hoại của địch và bọn phản động.

Trên cơ sở nguyên tắc chung, Ban Chỉ huy Công an nhân dân vũ trang Trung ương sẽ có quyết định cụ thể đối với từng tuyến biên giới, Việt Nam - Trung Quốc, Việt Nam - Lào, tuyến biển, đảo và giới tuyến tạm thời. Từ đó, trên bản đồ địa giới hành chính miền Bắc, 180 điểm đỏ đã được đánh dấu trên các tuyến biên giới Việt - Trung, Việt - Lào, tuyến biển, đảo và Giới tuyến tạm thời, tạo nên một bức tường thành bao quanh miền Bắc xã hội chủ nghĩa. 180 điểm đỏ đó chính là 180 đồn biên phòng, mà theo cách nói của ông Huỳnh Thủ là mạng lưới phòng thủ và tiến công địch vững chắc, là thế trận biên cương bảo vệ chủ quyền an ninh biên giới Tổ quốc. Có thể nói, lần đầu tiên trong lịch sử bảo vệ biên giới quốc gia, chúng ta đã có một hệ thống đồn, trạm biên phòng chính quy, thống nhất, được định hình vững chắc trên các tuyến biên giới. Đây là kết quả của công lao, trí tuệ tập thể trong đó có sự đóng góp trực tiếp miệt mài, say sưa, đầy nhiệt huyết của đồng chí Huỳnh Thủ. Với tầm nhìn thấu đáo, kỹ càng về chiến thuật và chiến lược của một cán bộ Tham mưu giàu kinh nghiệm, vị trí các đồn, trạm biên phòng từ thuở xây dựng ban đầu đến nay, tuy có đổi thay, bổ sung ít nhiều, nhưng nhìn một cách tổng quát, toàn diện, vẫn giữ được thế trận vững bền, gần như nguyên vẹn trên các tuyến biên giới.

Nhiệm vụ bảo vệ Nội địa được Đảng ta hết sức coi trọng. Nghị quyết 58/NQ-TW của Bộ Chính trị đã chỉ ra 5 nhiệm vụ cụ thể để lực lượng Công an nhân dân vũ trang tổ chức thực hiện. Ngày 23/4/1959, Bộ Công an đã ra Nghị định số 24, thành lập Cơ quan chỉ đạo công tác bảo vệ Nội địa, nằm trong Cục Tham mưu.

Mục tiêu bảo vệ Nội địa của ta lên tới con số 308 điểm, rải khắp 33 tỉnh, thành miền Bắc, bao gồm 158 cơ quan đầu não ở Trung ương và địa phương; 26 mục tiêu ngoại giao; 76 cơ sở kinh tế, văn hóa, giao thông quan trọng; 14 trại cải tạo; 32 trại giam... Được Ban Chỉ huy Công an nhân dân vũ trang Trung ương đồng ý, đồng chí Huỳnh Thủ đã ra chỉ thị cho các đơn vị Nội địa (những tỉnh địa bàn rộng, vừa có biên giới, vừa có bờ biển, được thành lập Ban chỉ huy Nội địa riêng), tùy tình hình cụ thể mà bố trí các trung đội, tiểu đội bảo vệ các mục tiêu. Mỗi tỉnh, thành được thành lập một đơn vị cơ động, trực thuộc Ban Chỉ huy Công an nhân dân vũ trang tỉnh. Các đơn vị cơ động này sẵn sàng tăng cường bảo vệ đường dài, dẹp bạo loạn, giữ gìn trật tự an ninh và truy lùng gián điệp biệt kích hoặc truy quét các tổ chức phản động, bảo vệ mục tiêu. Việc bố trí lực lượng bảo vệ Nội địa phải đảm bảo nguyên tắc: bảo vệ trực tiếp, bảo vệ khu vực và bảo vệ cơ động.

Tại địa bàn Hà Nội, Trung đoàn 600 bảo vệ Hồ Chủ Tịch, các đồng chí Bộ Chính trị; bảo vệ các cơ quan đầu não của Đảng và Nhà nước, theo mô hình bỏ cấp tiểu đoàn, tổ chức thành 4 đại đội và 2 trung đội độc lập, chịu sự chỉ đạo, chỉ huy trực tiếp của Ban Chỉ huy Trung đoàn. Biên chế đủ 634 đồng chí, gồm sĩ quan, hạ sĩ quan và chiến sĩ. Trung đoàn 254 bảo vệ Thủ đô, có nhiệm vụ bảo vệ các mục tiêu kinh tế, văn hóa, khoa học kỹ thuật quan trọng, bảo vệ sân bay Gia Lâm, làm nhiệm vụ hộ tống các đoàn khách quốc tế quan trọng đến thăm nước ta và bảo vệ cơ quan Đảng, chính quyền, các đồng chí lãnh đạo chủ chốt của Thành phố Hà Nội. D12 (Đoàn Thanh Xuyên), là đơn vị cơ động, được trang bị phương tiện hoàn chỉnh, đảm bảo cơ động nhanh, sẵn sàng chiến đấu trên mọi địa bàn, dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Ban Chỉ huy Công an nhân dân vũ trang Trung ương.

Quán triệt chỉ thị của đồng chí Tư lệnh là phải nhanh chóng xây dựng các đơn vị thiết yếu, đảm bảo phục vụ cho yêu cầu chiến đấu, bảo vệ của toàn lực lượng, ông đã chỉ đạo Cục Tham mưu lập kế hoạch tổ chức và xây dựng các Thủy đội 18, các nhà trường: văn hóa, lái xe, đào tạo Hạ sĩ quan và chuẩn bị các điều kiện để thành lập trường Sĩ quan, trường Huấn luyện ngựa, Huấn luyện chó nghiệp vụ và các đơn vị chuyên môn kỹ thuật như đại đội Thông tin 21, đại đội Vận tải 22, đại đội Công binh 23, đơn vị xe Mô tô, trạm sửa chữa vũ khí, xe cộ; trạm Cơ công, Kho 101, Trạm 30, Bệnh xá 265... Phối hợp với Cục Chính trị để bố trí quân số, trang bị cho việc thành lập Đoàn Văn công, Điện ảnh, Nhiếp ảnh, Ảo đăng, Quay phim, Tòa soạn Báo Công an nhân dân vũ trang và bộ phận Bảo tàng, Thư viện...

Với một khối công việc khổng lồ cần phải giải quyết, nhưng với sự điều hành cụ thể, khoa học, hợp lý, khẩn trương của đồng chí Huỳnh Thủ và các cộng sự, mọi nhiệm vụ trong 6 tháng cuối năm 1959 đã được hoàn thành trọn vẹn. Bên cạnh các lớp chỉnh huấn chính trị do Cục Chính trị chủ trì; ông đã chỉ đạo Cục Tham mưu trực tiếp tổ chức 30 đợt tập huấn ngắn ngày về công tác tham mưu, tác chiến cho cán bộ chỉ huy cấp tỉnh, thành và các đồn trưởng đồn biên phòng. Nội dung tập huấn là phương pháp, nội dung xây dựng phương án chiến đấu các cấp; nắm vững đối tượng, phương châm và phương thức công tác; dự kiến mọi tình huống để chặn đứng các âm mưu của kẻ địch trên khu vực biên giới.

Trong tổ chức thực hiện, ông luôn nhắc nhở cán bộ, chỉ huy các cấp, cần chú ý biện pháp tuyên truyền, vận động nhân dân cùng bảo vệ biên giới, xây dựng chính quyền, tổ chức Đảng và lực lượng dân quân du kích ở địa phương nhằm phát huy sức mạnh tổng hợp trong quá trình thực hiện nhiệm vụ. Qua nhiều năm rút kinh nghiệm chiến đấu với địch ở miền Tây Nam Bộ, cộng với thực lực của ta và tình hình miền Bắc, ông chỉ đạo, lấy du kích chiến là chính, kết hợp với vận động chiến trong phạm vi nhỏ. Phương thức tác chiến là tập kích, phục kích, phản tập kích, phản phục kích, bao vây truy kích, tao ngộ chiến nhỏ và đẩy mạnh công tác trinh sát bí mật, để nắm vững hoạt động của các đối tượng cùng âm mưu của địch, coi đó là sở trường của ta. Chính nhờ quán triệt thuần thục phương châm, phương thức chiến đấu, kết hợp với công tác trinh sát và vận động quần chúng, nên trong các đợt bao vây, truy lùng diệt phỉ ở Hà Giang (cuối năm 1959 và đầu năm 1960), dẹp cuộc bạo loạn do bọn tàn phỉ và tề ngụy gây ra ở 5 tỉnh Đông Bắc (tháng 2/1961), đối phó với vụ gây phỉ của Vàng Pao và bạo loạn "Châu Phà" ở miền Tây Nghệ An (tháng 6/1963), các tỉnh đã vận dụng sáng tạo phương châm tác chiến đã được tập huấn, cộng với sự hỗ trợ của D12, đồng thời có sự chỉ đạo trực tiếp của các Đoàn cán bộ tác chiến Cục Tham mưu, ta đã đập tan các âm mưu của địch và chiến đấu giành thắng lợi.

Với phương châm đánh địch từ xa, chủ động bảo vệ biên giới, đồng chi Huỳnh Thủ đã đề xuất với Ban Chỉ huy Công an nhân dân vũ trang Trung ương triển khai hai hướng chiến đấu mang tính chất sách lược, rất có hiệu quả. Hướng thứ nhất, chỉ đạo Công an nhân dân vũ trang Vĩnh Linh gấp rút thành lập các đội trinh sát vũ trang, vượt sông sang phía Nam, hoạt động trên chiến trường Quảng Trị, gồm có Đội K.1 hoạt động trên hướng đông Gio Linh, Cửa Việt, Đông Hà. Đội K2 phụ trách hoạt động vùng Gio Linh, Cam Lộ. Đội K.3 hoạt động ở vùng đường 9, Đầu Mầu, Ba Trăng. Đội K.4 hoạt động vùng Khe Sanh, Hướng Hóa, Sê Pôn. Các đội dựa vào cơ sở nhân dân; thực hiện nhiệm vụ bảo vệ cán bộ, xây dựng cơ sở trong lòng địch; diệt ác, phá kìm; đưa dân về làng cũ; tập kích tiêu diệt các toán vũ trang địch, mở đường đưa lực lượng vũ trang từ Bắc vào hoạt động; phá tan các ấp chiến lược Bạch Lộc, Xuân My, Xuân Long... Kết quả, một số tên ác ôn đầu sỏ đã bị các đội tiêu diệt, các ấp chiến lược bị phá, phong trào cách mạng khí thế lên cao, nhân dân rất phấn khởi.

Theo yêu cầu của Tỉnh ủy, Ủy ban Mặt trận giải phóng Quảng Trị, Cục Tham mưu đứng đầu là đồng chí Huỳnh Thủ đã đề xuất Bộ Tư lệnh thành lập thêm Đội trinh sát Đặc công, gồm 30 cán bộ, chiến sĩ có trình độ khá về quân sự, chính trị, nghiệp vụ, lấy phiên hiệu là "Phân đội 3" do đồng chí Nguyễn Thanh Hà làm phân đội trưởng, đồng chí Lê Quang Duyên, chính trị viên.

Sau 6 tháng huấn luyện ở Hà Nội, "Phân đội 3" được giao cho Công an nhân dân vũ trang Vĩnh Linh chỉ huy, quản lý. Hoạt động của "Phân đội 3" ở tuyến phía Nam Quảng Trị đã lập được nhiều chiến công rực rỡ, đặc biệt là tiêu diệt được tên Phương, một tên chống cộng khét tiếng, đã từng được chính quyền Ngô Đình Diệm phong danh hiệu: "Anh hùng chống cộng trên sông Bến Hải" Hướng thứ hai, ông đề xuất các tỉnh dọc biên giới Việt - Lào thành lập đội "Công tác ba mặt", sang giúp cách mạng Lào bảo vệ các vùng giải phóng, đồng thời giữ ổn định tuyến hành lang biên giới của ta. Đội công tác có 3 nhiệm vụ chủ yếu: 1- Vũ trang chiến đấu tiêu diệt địch, mở rộng căn cứ cách mạng cho Bạn. 2- Vận động quần chúng xây dựng chính quyền, các đoàn thể nhân dân. 3- Xây dựng lực lượng vũ trang giúp Bạn (chủ yếu là xây dựng dân quân tự vệ và bộ đội địa phương). Thực hiện chủ trương trên, các tỉnh dọc biên giới Việt - Lào đã thành lập được 42 đội công tác sang giúp Bạn.

Thực hiện Chỉ thị số 20/CT-TW của Ban Bí thư và Chỉ thị số 75/VP-P4 của Bộ Công an về "Công tác chống gián điệp biệt kích Mỹ - ngụy", Bộ Tư lệnh Công an nhân dân vũ trang nhận định, trong thời gian tới đế quốc Mỹ và ngụy quyền Sài Gòn có thể tiếp tục thả nhiều toán gián điệp biệt kích xuống nhiều địa bàn ở miền Bắc nước ta. Do đó, Bộ Tư lệnh giao cho Cục Tham mưu xây dựng kế hoạch chiến đấu cho các tuyến biên giới. Là cơ quan được Bộ Tư lệnh giao theo dõi nắm tình hình địch và chỉ huy, chỉ đạo công tác chiến đấu, đồng chí Huỳnh Thủ đã chỉ đạo các cơ quan chuyên môn nghiên cứu, tổng kết các trận đánh, từ đó rút ra ưu điểm, nhược điểm của ta trong chống gián điệp biệt kích và phát hiện quy luật hoạt động của địch, để kịp thời chỉ đạo các đơn vị. Sự chỉ đạo nhạy bén, kịp thời ấy đã giúp cho nhiệm vụ chống gián điệp biệt kích của lực lượng Công an nhân dân vũ trang giành thêm nhiều thắng lợi. Từ năm 1961 đến 1964, lực lượng Công an nhân dân vũ trang đã làm nòng cốt, cùng "phòng tuyến nhân dân" và các lực lượng khác, bắt 59 toán gián điệp biệt kích, gồm 427 tên, thu nhiều vũ khí, điện đài, phương tiện khác của địch, bảo vệ an toàn biên giới, bờ biển, nội địa, khu vực giới tuyến tạm thời. Thất bại thảm hại của cuộc "Chiến tranh đặc biệt" mà đế quốc Mỹ tiến hành đối với nước ta, ngày 5/8/1964, sau khi dựng lên "sự kiện Vịnh Bắc Bộ", đế quốc Mỹ đã chính thức dùng không quân, hải quân đánh phá miền Bắc, mở đầu cuộc chiến tranh phá hoại của chúng.

Ngày 28/4/1965, Bộ Chính trị Ban Chấp hành Trung ương Đảng ra Nghị quyết số 116/NQ-TW về việc "Phân công nhiệm vụ giữa Quân đội nhân dân và Công an nhân dân vũ trang trong bảo vệ trị an miền Bắc" và quyết định: "Lực lượng Công an nhân dân vũ trang có nhiệm vụ bảo vệ trị an biên giới, bờ biển, giới tuyến, chủ yếu bằng biện pháp chính trị và nghiệp vụ công an...". Thực hiện Nghị quyết 116/NQ-TW, Tham mưu trưởng Huỳnh Thủ đã đề xuất với Tư lệnh Phạm Kiệt triển khai nhiều công tác cơ bản như phát động mạnh mẽ phong trào quần chúng bảo vệ an ninh trật tự; khoanh vùng trấn phản; tập trung cải tạo những phần tử nguy hiểm cho xã hội; giáo dục cải tạo các đối tượng khác mà kẻ địch thường lợi dụng. Đặc biệt, đối với tuyến biển, các đơn vị cần thực hiện 2 nhiệm vụ: 1- Nắm chắc tình hình bọn phản động lợi dụng đạo Thiên chúa thành lập các tổ chức trá hình, hoạt động chống phá ta khi địch đánh phá miền Bắc ác liệt. 2- Tỉnh táo cảnh giác đề phòng địch đổ bộ từ biển lên tập kích bất ngờ, hoặc bí mật ẩn náu vào các cơ sở mà bọn phản động đã bố trí chờ đón. Được sự giúp đỡ tích cực của quần chúng, các đơn vị đã khám phá hàng chục tổ chức phản động ở các địa bàn ven biển như "Đoàn Thanh niên Công giáo đón quân miền Nam", "Đảng Quân chủ lập hiến" ở Thái Bình, "Hội Tận hiến" ở Phú Nhai, Nam Định; "Hội Tràng hạt mãn côi" ở Thanh Hóa. Lực lượng Bảo vệ Nội địa đã phối hợp với công an phá tổ chức phản động "Đảng Cách mạng quốc gia Việt Nam" ở Thanh Hóa và "đảng Nhân quyền cách mạng" ở Sơn Tây, bắt nhiều đối tượng.

Càng ngày, không quân địch càng đánh phá miền Bắc ác liệt. Nhiều mục tiêu bảo vệ của Công an nhân dân vũ trang là những trọng điểm ném bom của máy bay Mỹ. Không thể thực hiện biện pháp chính trị và nghiệp vụ Công an một cách đơn thuần, đồng chí Tư lệnh Phạm Kiệt đã bàn bạc thống nhất trong Bộ Tư lệnh và giao cho đồng chí Huỳnh Thủ nghiên cứu, có kế hoạch cụ thể, chỉ thị cho các đơn vị toàn lực lượng xây dựng trận địa phòng không bắn máy bay tầm thấp bằng vũ khí bộ binh. Sau khi cử cán bộ khẩn trương đi kiểm tra các đơn vị Công an nhân dân vũ trang Quảng Ninh, Hải Phòng, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình... và tổ chức rút kinh nghiệm chung, đồng chí Huỳnh Thủ đã ra chỉ thị, trong đó nêu một số vấn đề rất cụ thể như bố trí trận địa bí mật trên đỉnh núi, sườn núi, trên gò đất cao; đảm bảo yếu tố bất ngờ, bố trí hỏa lực ở mỗi trận địa; cách ngắm bắn thẳng khi máy bay bổ nhào ở các cự ly... Với cách chỉ đạo cụ thể đó, hiệu suất bắn máy bay Mỹ của các đơn vị đạt kết quả khá cao. Với một thế trận lưới lửa bắn máy bay tầm thấp, bố trí ở khắp biên cương, bờ biển, nội địa, từ 5/8/1964 đến tháng 10/1972, lực lượng Công an nhân dân vũ trang đã trực tiếp bắn rơi, bắn cháy 195 chiếc; phối hợp các lực lượng khác bắn rơi 128 chiếc, bắt nhiều giặc lái Mỹ.

Tình hình cách mạng miền Nam ngày càng phát triển, đòi hỏi lực lượng An ninh vũ trang cần được tăng cường. Từ năm 1962 đến năm 1970, lực lượng Công an nhân dân vũ trang đã tuyển chọn, huấn luyện hơn 1.000 cán bộ, chiến sĩ, tổ chức 14 đợt lên đường chi viện cho lực lượng An ninh vũ trang trên chiến trường miền Nam. Bước sang năm 1972, trước yêu cầu chuẩn bị cho giải pháp mới nếu thời cơ đến, Bộ Tư lệnh đã giao cho Cục Tham mưu chuẩn bị quân số, tổ chức huấn luyện để đáp ứng yêu cầu chi viện cho An ninh vũ trang miền Nam. Đồng chí Huỳnh Thủ trực tiếp chỉ đạo cơ quan quân lực, tính toán số lượng cán bộ, chiến sĩ cần chi viện. Từ 1972 đến cuối năm 1974, có 6.140 cán bộ, chiến sĩ được huấn luyện, lên đường chi viện cho An ninh vũ trang miền Nam.

Năm 1974, ông được Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm là Phó Tư lệnh Công an nhân dân vũ trang. Đây không chỉ là niềm tự hào của cá nhân ông, mà còn khẳng định sự tin tưởng, đánh giá đúng phẩm chất, năng lực của một người cán bộ luôn cống hiến hết mình cho đất nước, cho lực lượng. Thời gian này ở tuyến biên giới Việt - Trung, thường xuyên xảy ra tranh chấp đất đai, chủ quyền lãnh thổ. Phía Trung Quốc bí mật tổ chức dịch chuyển cột mốc sang đất ta hàng trăm mét, di chuyển mồ mả và huy động hàng trăm lượt người cố tình lấn chiếm 88 điểm, với hơn 100 ha ở các địa bàn biên giới thuộc các tỉnh Lạng Sơn, Cao Bằng, Lai Châu... Trên cương vị Phó Tư lệnh, đồng chí Huỳnh Thủ đã chỉ đạo các tỉnh từ Lai Châu đến Quảng Ninh phát động phong trào "Toàn dân làm tốt công tác quản lý biên giới", nhằm phát huy sức mạnh nhân dân vào việc bảo vệ từng tấc đất thiêng liêng của Tổ quốc. Đồng thời tham mưu cho chính quyền các địa phương tổ chức gặp gỡ phía đối diện, trao đổi bàn bạc theo quan điểm chỉ đạo của Đảng ta là "Độc lập chủ quyền, đoàn kết hữu nghị", cùng nhau giải quyết các tụ điểm tranh chấp, chống xâm canh, xâm cư.

Năm 1975, chiến dịch Hồ Chí Minh toàn thắng, đất nước thống nhất! Trong niềm vui chung, ông có niềm vui được trở về với quê hương "núi Ấn, sông Trà", về với vùng đất quen thuộc có rừng dừa, bãi đước, nơi đã đọng lại trong ông bao kỷ niệm chiến đấu của một thời đầy hy sinh, gian khổ. Đặc biệt, ông sẽ được gặp lại một số bạn tù Côn Đảo năm xưa, đã kiên cường anh dũng, "bám trụ nằm vùng", cùng nhân dân Nam Bộ chiến đấu chống Mỹ, giải phóng quê hương.

Đất nước thống nhất, nhưng ông vẫn chưa có được những giây phút nghỉ ngơi. Một dải biên giới phía Nam Tổ quốc còn đầy phức tạp; đang bỏ ngỏ, cần ông và đồng đội bảo vệ... "Phải tổ chức triển khai khẩn trương các đồn, trạm biên phòng toàn tuyến biên giới phía Nam!". Đó là nhiệm vụ và quyết tâm được xác định tại Hội nghị Thường vụ Đảng ủy Công an nhân dân vũ trang và Tiểu ban An ninh vũ trang Miền, dưới sự chủ trì của đồng chí Đinh Văn Tuy, Phó Chính ủy, Bí thư Đảng ủy Công an nhân dân vũ trang.

Với kinh nghiệm tổ chức xây dựng đồn, trạm ở các tuyến biên phòng phía Bắc, Phó Tư lệnh Huỳnh Thủ lại một lần nữa được hội nghị nhất trí đề nghị chủ trì việc nghiên cứu hệ thống tổ chức các đơn vị phía Nam. Sau khi Bộ Tư lệnh phát động phong trào "Hai tình nguyện", hơn 5.000 cán bộ, chiến sĩ các đơn vị phía Bắc đã tình nguyện lên đường nhận nhiệm vụ tại các tỉnh biên giới phía Nam. Một kế hoạch xây dựng đồn, trạm của tuyến biên phòng phía Nam cũng được triển khai thực hiện. Từ tuyến biên giới Việt - Lào, Việt Nam - Campuchia, đến tuyến bờ biển, hải đảo, các đơn vị bảo vệ cảng Sài Gòn, sân bay Tân Sơn Nhất, có 143 đồn, 25 trạm và một số tiểu đoàn, đại đội cơ động cùng cơ quan thường trực đại diện Bộ Tư lệnh ở phía Nam bắt đầu đi vào hoạt động.

Đến cuối năm 1975, lực lượng Công an nhân dân vũ trang cơ bản đã hoàn chỉnh bộ máy tổ chức, từ cơ quan Bộ Tư lệnh đến các đồn, trạm biên phòng trong toàn quốc. Để đáp ứng kịp thời công tác giữ gìn an ninh trật tự, bảo vệ vùng mới giải phóng, đấu tranh chống lại kế hoạch "hậu chiến" của địch, được Bộ Tư lệnh ủy quyền, ông đã trực tiếp chủ trì Hội nghị chỉ huy Công an nhân dân vũ trang các tỉnh, thành phía Nam để quán triệt tình hình và giao nhiệm vụ cho các đơn vị. Thay mặt Đảng ủy, thủ trưởng Bộ Tư lệnh, ông nhấn mạnh tư tưởng chỉ đạo: Phải khẩn trương củng cố, kiện toàn tổ chức, xây dựng lực lượng Công an nhân dân vũ trang vững mạnh, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ, đấu tranh làm thất bại mọi âm mưu phá hoại của gián điệp Mỹ và các thế lực thù địch; trấn áp kịp thời bọn phản động, tổ chức FULRO; cải tạo các phần tử xấu; tham gia đấu tranh chống các loại tội phạm hình sự, giữ vững an ninh chính trị, trật tự xã hội, đập tan mọi luận điệu tuyên truyền, xuyên tạc của địch, góp phần tích cực xây dựng, ổn định các vùng giải phóng, bảo vệ Đảng, bảo vệ chính quyền cách mạng. Nước nhà vừa giành được độc lập, thống nhất chưa được bao lâu thì đầu năm 1977 đã xảy ra cuộc chiến tranh biên giới Tây - Nam do bè lũ Pôn Pốt gây ra. Bộ Tư lệnh đã chỉ thị cho các đơn vị tuyến biên giới Tây Nam cảnh giác cao độ; điều Trung đoàn 2 ở tuyến biển lên Tây Ninh; thành lập Trung đoàn 4, cơ động hoạt động ở 2 tỉnh An Giang và Kiên Giang.

Đồng chí Tư lệnh Trần Quyết và Phó Tư lệnh Huỳnh Thủ cùng đồng chí Phó Tư lệnh Lê Thanh, phân công nhau đến các tỉnh và nhiều đồn biên phòng tuyến biên giới Tây Nam, kiểm tra, đôn đốc và bàn kế hoạch phối hợp với Quân khu V, Quân khu VII và Quân khu IX trong tổ chức hiệp đồng chiến đấu. Do chủ động chuẩn bị thế trận, các đồn biên phòng thực hiện tốt tư tưởng chỉ đạo là, táo bạo tiến công, chủ động phản tập kích, cơ động bám địch, đánh địch, nên đã cùng các lực lượng khác đánh bại các cuộc tấn công của địch, bảo vệ vững chắc chủ quyền lãnh thổ của Tổ quốc.

Dưới chế độ diệt chủng của bè lũ Pôn Pốt, leng Xa Ri, Khiêu Săm Phon, đất nước Campuchia ngập trong đau thương và mất mát. Đáp ứng lời kêu gọi, lời đề nghị của cách mạng Campuchia; chấp hành Chỉ thị của trên, đầu năm 1979, Bộ Tư lệnh Công an nhân dân vũ trang đã tổ chức 8 trung đoàn, với hơn 8.000 cán bộ, chiến sĩ hòa vào Đoàn quân tình nguyện của Quân đội nhân dân Việt Nam sang làm nghĩa vụ quốc tế ở Campuchia. Các đơn Vị đã anh dũng chiến đấu, truy quét tàn quân, bảo vệ chính quyền các cấp và góp phần giữ gìn an ninh chính trị, trật tự xã hội, đồng thời triển khai giúp Bạn bảo vệ các tuyến biên giới.

Cũng trong thời điểm này, lực lượng công an nhân dân vũ trang phải đương đầu với cuộc chiến tranh biên giới phía Bắc rất ác liệt, Phó Tư lệnh Huỳnh Thủ đã cùng tập thể Đảng ủy, Bộ Tư lệnh Công an nhân dân vũ trang lãnh đạo, chỉ huy, chỉ đạo các đồn Biên phòng từ Quảng Ninh đến Lai Châu kiên cương bám trụ, đẩy lùi nhiều đợt tấn công với quy mô lớn của quân xâm lược, giữ vững từng tấc đất thiêng liêng của Tổ quốc. Đây là một cố gắng rất lớn của Đảng ủy, Bộ Tư lệnh, các cấp chỉ huy, trong đó có phần đóng góp tích cực, đáng ghi nhận của đồng chí Phó Tư lệnh Huỳnh Thủ.

Ngày 10/10/1979, Bộ Chính trị ra Nghị quyết số 22/NQ-TW, chuyển giao nhiệm vụ và tổ chức lực lượng Công an nhân dân vũ trang từ Bộ Nội vụ sang Bộ Quốc phòng, đổi tên thành Bộ đội Biên phòng. Trên cương vị Phó Tư lệnh, rồi Tư lệnh Bộ đội Biên phòng từ tháng 7/1980, ông nhận thức được yêu cầu nhiệm vụ mới, hệ thống tổ chức theo cơ chế mới. Trong Hội nghị Quân chính toàn lực lượng, khi phổ biến quán triệt, thực hiện Nghị quyết trên, ông đặc biệt quan tâm đến công tác chính trị, tư tưởng, nhằm ổn định tình hình của các đơn vị trước sự chuyển biến mới của lực lượng Công an nhân dân vũ trang - Bộ đội Biên phòng. Khi tổ chức lực lượng dần ổn định, ông đã cùng Bộ Tư lệnh ban hành nhiều chỉ thị về xây dựng đơn vị vững mạnh toàn diện; tổ chức huấn luyện cho các đơn vị luôn sẵn sàng chiến đấu cao, đồng thời chỉ đạo các đơn vị triển khai các hoạt động nghiệp vụ, đấu tranh chống "Chiến tranh phá hoại nhiều mặt" của các thế lực thù địch, bảo vệ vững chắc chủ quyền an ninh biên giới trong tình hình mới. Ông đã cùng một số cán bộ Tham mưu, Trinh sát xuống chỉ đạo trực tiếp các điểm xung yếu như Na Hình, Hành Thành (Lạng Sơn), Xín Mần, Đồng Văn, Mèo Vạc (Hà Giang) và một số điểm ở Cao Bằng... Đồng thời chỉ thị cho các đơn vị miền Trung và Tây Nguyên sẵn sàng truy quét địch, đấu tranh phòng chống kế hoạch "Lan tỏa dây chuyền" của địch. Từ đó, các đơn vị phía Bắc đã tập trung cao độ vào nhiệm vụ giữ gìn an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội trên địa bàn biên phòng, phát hiện, truy bắt 59 vụ mệnh danh "Đội du kích Hoàng Văn Hoan", "Đội vũ trang cứu quốc"; phát hiện và vô hiệu hóa 28 vụ gián điệp Trung Quốc xâm nhập xây dựng cơ sở ngầm, 14 vụ âm mưu tổ chức gây bạo loạn.

Ở biên giới phía Tây, các đơn vị đã tiêu diệt, xóa sổ 30 toán phí, biệt kích Mẹo, thuộc khu vực hành lang biên giới Việt - Lào, không để cho chúng khống chế làm suy yếu cơ sở chính trị của Bạn; hoặc tổ chức xâm nhập móc nối với bọn phản động địa phương phá hoại an ninh trật tự khu vực biên giới Nghệ An và một số tỉnh khác. Tàn quân FULRO ở Tây Nguyên, được bọn phản động quốc tế tiếp tay, đã phục hồi hoạt động. Chúng nhiều lần tổ chức phục kích xe cộ, đốt phá kho tàng, lâm trường, buôn làng, nhưng đã bị các đơn vị Bộ đội Biên phòng phối hợp với các lực lượng, tổ chức tấn công tiêu diệt. Một số bị bắt, một số ra hàng, trong đó có cả tên Tham mưu phó FULRO. Bọn phản động lưu vong từ đất Thái Lan, cải trang xâm nhập vào Kiên Giang, Tây Ninh đã bị ta phát hiện, vây bắt. Các đơn vị còn phát hiện, bắt 10.716 lượt tàu nước ngoài vi phạm vùng biển Việt Nam. Riêng ở Thổ Chu có 5.787 lượt chiếc; bắt 172 tên xâm nhập từ đường biển vào, trong đó có cả bọn gián điệp tình báo, bọn cướp biển... Trong chiến công đó có sự chỉ đạo cụ thể, sát sao của Tư lệnh Huỳnh Thủ.

Tháng 7/1981, Thủ tướng Chính phủ quyết định điều ông sang làm phái viên cho Bộ Tổng Tham mưu Quân đội nhân dân Việt Nam. Ông công tác ở cơ quan Bộ Quốc phòng cho đến lúc nghỉ hưu. Trong hành trình tham gia cách mạng, ông đã có 23 năm sắn bó với biên cương, gắn bó với lực lượng Công an nhân dân vũ trang - Bộ đội Biên phòng. Trái tim ông luôn nhớ về một chặng đường vừa vất vả, gian lao, vừa nồng ấm nghĩa tình đồng đội.

Tấm lòng đôn hậu, nhân ái của ông rộng mở theo phong cách "anh Hai Nam Bộ", luôn được mọi người đón nhận và yêu mến. Đối với gia đình, ông luôn quan tâm chăm sóc, trọn vẹn nghĩa tình; đối với chiến sĩ, ông dành tình thương yêu, "Tướng sĩ một lòng phụ tử". Trong hồi ký của mình, ông viết: "Giờ đây, mỗi lần nhớ lại những năm tháng đầu tiên bắt tay vào nghiên cứu Phương án tổ chức lực lượng Cảnh vệ Nội địa và Biên phòng, biết bao kỷ niệm như sống lại trong ký ức tôi. 23 năm từ một cán bộ điều động về tham gia nghiên cứu phương án, cho đến khi trở thành Tư lệnh của lực lượng, tôi đã đúc kết được nhiều kinh nghiệm trong công tác chỉ đạo, lãnh đạo cho mình. Có nhiều nguyên nhân, song nguyên nhân chính để lực lượng Công an nhân dân vũ trang nhanh chóng khẳng định được vị trí, vai trò trong sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc, đó chính là tinh thần yêu nước, ý chí quyết tâm chiến đấu và thái độ phục vụ tận tụy của các lớp cán bộ, chiến sĩ, họ đã biết dựa vào nhân dân để bảo vệ biên giới".

Đồng chí Trung tướng Đinh Văn Tuy, một cộng sự đắc lực của ông (thời gian ở Cục Tham mưu), sau này cũng là Tư lệnh Bộ đội Biên phòng, đã nói về ông như sau: "Thiếu tướng Huỳnh Thủ là một người thẳng thắn, trung thực, giản dị và rất thực tế. Có nhiều suy nghĩ sáng tạo và quyết đoán nhanh. Đồng chí là người hết lòng chăm lo xây dựng cho lực lượng, cả về tổ chức lực lượng và cả về kỹ chiến thuật, cùng với các phương án, thế trận chiến đấu phù hợp với thực tiễn của Công an nhân dân vũ trang - Bộ đội Biên phòng".

Sơn Tùng